南通所有的大学名单为南通大学、南通理工学院、南通大学杏林学院、江苏工程职业技术学院、南通职业大学、南通科技职业学院、江苏航运职业技术学院、江苏商贸职业学院、南通师范高等专科学校。

| 序号 | 学校名称 | 主管部门 | 所在地 | 办学层次 | 备注 |
| 1 | 南通大学 | 江苏省 | 南通市 | 本科 | |
| 2 | 南通理工学院 | 江苏省教育厅 | 南通市 | 本科 | 民办 |
| 3 | 南通大学杏林学院 | 江苏省教育厅 | 南通市 | 本科 | 民办 |
| 序号 | 学校名称 | 主管部门 | 所在地 | 办学层次 | 备注 |
| 1 | 江苏工程职业技术学院 | 江苏省 | 南通市 | 专科 | |
| 2 | 南通职业大学 | 江苏省 | 南通市 | 专科 | |
| 3 | 南通科技职业学院 | 江苏省 | 南通市 | 专科 | |
| 4 | 江苏航运职业技术学院 | 江苏省 | 南通市 | 专科 | |
| 5 | 江苏商贸职业学院 | 江苏省 | 南通市 | 专科 | |
| 6 | 南通师范高等专科学校 | 江苏省 | 南通市 | 专科 |
南通大学(Nantong University)始建于1912年,源自代著名实业家、教育家张謇先生创办的私立南通医学专门学校和南通纺织专门学校。2004年,原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三校合并组建新的南通大学。学校是江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学,江苏高水大学建设高峰计划建设高校。在中国管理科学研究院《2022中国大学评价》中列第106位,ESI中国高校综合排名列第114位,2020软科中国大学造就杰出医学校友排名列第33位。
一个多世纪以来,学校秉承“祈通中西,力求精进”的校训精神、“学必期于用,用必适于地”的办学理念、“道德优美,学术纯粹”的价值追求,锐意进取,砥砺前行,现已建设成为一所规模结构合理、学科门类齐全、教学质量优秀、办学效益明显的地方综合性大学。1977年恢复高考以来,共有3名本科毕业生入选两院院士,人数并列全国高校第35位。
学校设有20个学院、1个独立学院(杏林学院)、1家直属大型综合三级甲等医院(南通大学附属医院)和国际教育学院、继续教育学院。拥有基础医学、临床医学、信息与通信工程3个博士后流动站,基础医学、临床医学、信息与通信工程、公共卫生与预防医学、特种医学5个一级学科博士点,23个一级学科硕士点,19个硕士专业学位点。临床医学、神经科学与行为学、工程学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、化学、材料科学等7个学科进入ESI学科全球排名前1%。拥有江苏高校优势学科2个、江苏省重点学科8个、江苏省临床医学重点专科30个。
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